Выделение продукта, как правило, требует многих стадий – несколько ступеней хроматографии, фильтрация вирусных частиц, и многих других. В этом процессе материал уже очень дорог – после синтеза это, фактически, целевой препарат, и любая ошибка может обернуться миллионами долларов убытка. По этой причине, увеличение надёжности и эффективности этого этапа крайне важно.
Расходы на выделение компонентов биологического происхождения состоят из стоимости материалов для хроматографии, фильтрующих мембран, одноразовых ёмкостей, стоимости процедур очистки оборудования, стоимости анализа чистоты конечного препарата. В частности, один из самых больших вкладов вносит крайне широко распространённое аффинное выделение с помощью фрагментов моноклональных антител и узнающего их белка А. Исключение этого этапа существенно сократило бы стоимость всего процесса, но производители предпочитают не вносить изменений в налаженный техпроцесс, так как применимых в коммерческих масштабах альтернатив ему почти не существует. Тем не менее, и поставщики оборудования и технологий, и использующие их фармпроизводители разрабатывают и внедряют новые приёмы для конечных стадий производства биопрепаратов.