Создан новый инструмент для исследования клеток в 3D

Ученые теперь могут более подробно изучать вирусы, бактерии и компоненты человеческого тела. Дело в том, что недавно в американском институте Scripps Research Institute создали программное обеспечение под названием cellPACK, при помощи которого можно виртуально моделировать различные вирусы, в том числе, например, и ВИЧ.

Смертельный вирус Эбола показал, что необходимо удвоить усилия по изучению различных вирусов и бактерий. Существует большое количество вирусов, представляющих смертельную угрозу для человека, поэтому их нужно изучать.

«Мы надеемся, что наше программное обеспечение поможет ученым узнать больше про бактерии и вирусы», - сказал Арт Олсон из TSRI.

На данный момент уже есть методы для исследования клеток и белков. Однако, до сих пор не было методов визуализации средних структур. ПО cellPACK как раз и призвано решить эту проблему структурной биологии.

Новое программное обеспечение позволяет обрабатывать данные из меньших структур, а потом с их помощью создавать модели в среднем диапазоне. Благодаря работе ученых из TSRI теперь эти модели можно собирать всего за несколько часов, хотя раньше на это требовалось несколько месяцев (т.к. всю работу делали вручную).

При помощи нового программного обеспечения в Scripps Research Institute сделали виртуальную модель ВИЧ. В результате удалось со всеми деталями заметить как внешние «шипиковые» белки находятся на поверхности еще незрелого вируса. Ранее считалось, что распределение таких белков на поверхности незрелого вируса случайно. Однако, cellPACK помог понять, что на самом деле такое распределение не является случайным.

ПО cellPACK вначале было дипломным проектом выпускника TSRI Грэма Джонсона, который сейчас работает научным сотрудником в Калифорнийском университете.

Следует отметить, что cellPACK является бесплатным программным обеспечением. Оно доступно всем заинтересованным лицам. Тысячи людей уже бесплатно скачали это ПО.

Результаты этого исследования были опубликованы недавно в декабрьском номере журнала Nature Methods за 2014 год.

P.S. Научно-исследовательский институт Скриппса был образован в 1924 году на деньги мецената Элен Браунинг Скриппс. Это частное некоммерческое научное учреждение. Сейчас его исследовательские лаборатории есть в американских штатах Калифорния и Флорида. В них работают более 3 000 человек, в том числе и два лауреата Нобелевской премии.